Восстановить индекс можно следующими способами:

• выполнить переиндексацию тома
• воспользоваться утилитой проверки и восстановления индекса. 

Восстановление индекса

1. Отмонтируйте и удалите том
2. Перейдите в /var/opt/mailarchiva/tomcat/ROOT/WEB-INF/lib
3. Запустите команду 

/opt/mailarchiva/jre64/bin/java -cp lucene-core-4.10.4.jar -ea:org.apache.lucene... org.apache.lucene.index.CheckIndex /path/to/index  -fix

в результате выполнения команды будет произведена проверка индекса и его исправление.